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1.科学和神学的关系:科学尽头是否是神学,科学和神学是对立还是统一,这是一个价值取向的问题,即便学者之间也说法不一致,我无法给你答案。
2.但是历史上科学和神学(或者世俗的宗教)的关系是很密切的,正如你说的文艺复兴的中心是梵蒂冈。两者的分野是逐步形成并形成目前这种局面,并且由于一种英雄主义叙事,导致了人们认为当时宗教在压迫科学。这一过程极其复杂,我无法在简短回复中给出完整答案,可以参阅《科学与宗教的领地》(商务印书馆,2016)等书,并翻阅一些关于哥白尼革命、牛顿的最新科学史著作,哪怕自传(但得是学术自传而非中国常见的科普性质的自传)也能加深你的认识。我只能说牛顿不是晚年相信玄学(这里玄学的说法也是错误的,我在其他回答中已经说明了玄学是什么),他研究自然哲学的目的就是为了读懂上帝,而自然之书是理解上帝最好的形式。只不过他的观点和当时主流的三位一体观点不太一致,实际上早期所有今天的我们推崇的科学家都是宗教徒,并对宗教坚信不疑,只不过可能观点和主流观点不太一样,比如哥白尼、布鲁诺、第谷、开尔文等等。而对牛顿的形象也是有一个演变的过程的:当时由于牛顿极富盛名,“上帝说要有光,于是牛顿诞生了”,而牛顿又是终身未婚的,于是他的这种禁欲性质和圣子合二为一,至今仍是科学家纯洁的象征(比如不谙世事,不通人情,不追求名利);到19、20世纪,科学的作用经过工业革命和一二战得以凸显,牛顿变成了科学的化身、进步的象征,他晚年的炼金术手稿被刻意隐藏,以免玷污其科学形象;直到20世纪,随着科学史学科建立和发展,人们对科学的认识逐步加深,认识到其研究炼金术和研究自然哲学的目的是一样的,对他的认识才重新回到了历史本身。那么教会中心自然也有研究自然的教徒,因为了解自然是了解上帝最好的途径,但不是今天我们理解意义上的科学研究室和科学家,而是自然哲学家和自然神学家等等。
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